Departamenti i Mbrojtjes së Bimëve u strukturua si njësi bazë e Fakultetit të Bujqësisë dhe Mjedisit në vijim të Vendimit Nr. 515 datë 19.07.2006 të Këshillit të Ministrave dhe me Vendim të Senatit UBT Nr. 20 datë 26.12.2006. Mbrojtja e Bimëve si strukture e veçantë mësimore dhe shkencore u formua në vitin 1964. Dhe ka bashkëshoqëruar evolimin e Institutit të Lartë Bujqësor (sot Universiteti Bujqësor) në formën e një katedre me degë të veçantë të Fakultetit të Agronomisë ku studentët dipllomoheshin me titullin e Agronomit të Mbrojtjes së Bimëve.

Deri në fillim të viteve 90-të Katedra e Mbrojtjes së Bimëve ka funksionuar me dy grupime lëndësh të veçanta: ato të Entomologjisë dhe ato të Fitopatologjisë me 8 pedagogët efektiv të brëndshëm dhe disa të jashtëm. Në vitin 1994 Mbrojtja e Bimëve u inkuadrua në Departamentin e Hortikulturës dhe Mbrojtje Bimësh duke humbur kështu pamvarësinë e proçesit mësimoro-shkencor dhe mundësinë e një dipllome të veçantë Mbrojtje Bimësh.

Departamenti i Mbrojtjes së Bimëve u formua si pasojë e vendimit të Qeverisë nr. 515 të korrikut 2006, me anë të cilit Instituti i Mbrojtjes së Bimëve në Durrës tranferohet dhe vihet në vartësi të Universitetit Bujqësor me potencialin njerëzor dhe asetet e tij. Kjo strukturë së bashku me Seksionin e Mbrojtjes së Bimëve të Fakultetit të Bujqësisë UBT çuan në  formimin e Departamentit të Mbrojtjes së Bimëve, me vendim të Senatit të UBT në dhjetor të vitit 2006.

Aktualisht  Departamenti i Mbrojtjes se Bimeve dhe Laboratori i mbrojtjes e bimeve i Akredituar (pjese e departamentit) eshte Depatament i References Kombetare te Mbrojtjes se Bimeve.

Vizioni i Departamentit të Mbrojtjes së Bimeve është të përgatisë specialistë të lartë dhe të kualifikuar në të dy nivelet e shkollimit të aftë për ti shërbyer bujqësisë Shqiptare dhe që të jenë konkurues në tregun Evropian të punës.

Misioni dhe Objektivat e Departamenti janë:

  • Ndryshimi i strukturës ekzistuese të Mbrojtjes së Bimëve (seksioni) dhe krijimi i sektoreve të rinj (Sektori mësimorë-shkencore dhe Laboratorin e Mbrojtjes së Bimëve Durrës) të cilët do të mbulojnë edhe shërbimin në këtë fushë.
  • Hartimi i programeve të reja mësimore dhe kurrikulave në funksion të integrimit me sistemin Europian (Kartën e Bolonjës) të kurseve universitare (Bachelor, Master) dhe transferimit të krediteve.
  • Fuqizimi i Bazës laboratorike e cila do të mundësojë implementimin sa më të mirë dhe të shpejtë të kurrikulave të këtij departamenti.
  • Formimi praktik i studentëve si brenda kampusit universitar të UBT-së ashtu edhe pranë LMB-së Durrës.
  • Realizimi i kualifikimeve shkencore të specialistëve të bujqësisë dhe të përafërt me ta në nivelet Master, Doktorat etj.
  • Organizimi i trajnimeve në fushën e identifikimit të parazitëve të bimëve, të prognozë sinjalizimit dhe rekomandimit të masave specifike.